@main(""){

    <style>

            a:hover{
                text-decoration: underline;
            }

            .ques-title{
                color: black;
                font-size:  16px;
            }

            .title{
                margin-top: 30px;
            }

    </style>

    <div class="inner-header">
        <h1 style="margin: 0">比对和定量流程说明</h1>
    </div>


    <div class="main-body">

        <div style="padding:20px 40px 0 40px">

            <div  class="title">
                <p>1、建立参考转录本序列索引文件。在Workflows Browser中，双击流程 "Align-free Quantify: Build Transcript
                    Kallisto Index" ，弹出通过流程创建项目对话框，并设置项目名称和工作目录。双击打开项目，将转录本序列
                    "Transcripts.fasta" 和 "Gene_Trans_map.txt"  作为项目流程的输入，并运行项目得到结果。</p>
                <img src="@routes.Assets.at("images/compare/image003.jpg")" width="1120px">
                <img src="@routes.Assets.at("images/compare/image005.jpg")" width="1120px">

                <p>2、定量分析（需要每个样品重复执行该步骤）。在Workflows Browser中，双击流程 "Align-free Quantify:
                    Pseudoalignment and Quantify" ，弹出通过流程创建项目对话框，并设置项目名称和工作目录。双击打开项目，
                    将上一步得到的转录本索引文件 "kallisto_trans_index.fasta" 和 原始fastq下机数据 作为项目流程的输入，
                    并运行项目得到结果。这里，每个样品重复运行该步骤，从而得到每个样品的定量结果。<b>需要注意的是，每次新建项
                    目，均要设置不同的工作目录，避免同名文件覆盖冲突问题。</b></p>
                <img src="@routes.Assets.at("images/compare/image008.jpg")" width="1120px">
                <img src="@routes.Assets.at("images/compare/image012.jpg")" width="1120px">

                <p>3、每个样品的定量结果进行合并，从而得到Count矩阵、FPKM矩阵、TPM矩阵。在Workflows Browser中，双击流程
                    "Align-free Quantify: Sample to Matrix" ，弹出通过流程创建项目对话框，并设置项目名称和工作目录。双击打开
                    项目，将每个样品的基因定量结果作为项目流程的输入，并运行项目得到结果。</p>
                <img src="@routes.Assets.at("images/compare/image014.jpg")" width="1120px">


            </div>


            <br>
            <br>


        </div>


    </div>
}